Konferencia má na riešenie osobitných otázok zriadené tieto odborné komisie:

  1. Komisia ekonomicko-právna: pre otázky ekonomického, finančného, účtovného, majetkového, právnického charakteru, otázky vedenia registratúr a archívnictva, ako aj poradenstva pre členov Konferencie, členov reholí a ostatné komisie Konferencie. Spolupracuje s Ekonomickou komisiou KBS, advokátmi, právnikmi, daňovými a finančnými poradcami.
  2. Komisia sociálno-zdravotnícka: pre otázky týkajúce sa rezortu zdravotníctva, sociálnych služieb, sociálneho poradenstva, zriaďovania a prevádzky zariadení v zdravotníctve a poskytovaní sociálnych služieb, ako aj otázky týkajúce sa rómskej problematiky, utečencov a boja proti obchodovaniu s ľuďmi. Spolupracuje so Sociálnou a Bioetickou subkomisiou Teologickej komisie KBS, Radou pre pastoráciu v zdravotníctve pri KBS, Radou pre Rómov a menšiny pri KBS, ako aj so Slovenskou katolíckou charitou a diecéznymi charitami, s odbornými asociáciami združujúcimi poskytovateľov zdravotníckych a sociálnych služieb a tiež s medzinárodnou organizáciou RENATE, v ktorej má Konferencia svoje zastúpenie.
  3. Komisia teologicko–spirituálna: pre otázky vzdelávania a základnej a permanentnej formácie pre zasvätený život, otázky umenia, vedy a kultúry, pastorácie povolaní. Koordinuje formačné tímy a projekty Konferencie, ako aj skupinu Artteo, zameranú na oblasť umenia a kultúry. Spolupracuje s rôznymi vzdelávacími inštitúciami a osobnosťami z akademickej oblasti a s Radou pre mládež a univerzity pri KBS a s celoslovenskou Komisiou pre pastoráciu povolaní pri KBS.
  4. Komisia pre výchovu a vzdelávanie: pre otázky zriaďovania a prevádzkovania škôl, školských zariadení, organizácií v oblasti výchovy detí a mládeže. V rámci svojej pôsobnosti koordinuje aj činnosť Rehoľného školského úradu (RŠÚ), zriadeného Konferenciou. Riaditeľa RŠÚ menuje predseda Konferencie. Komisia spolupracuje s komisiami KBS pre školstvo a katechizáciu a so Združením katolíckych škôl Slovenska.
  5. Komisia masmediálna: pre otázky audiovízie, vydavateľskej činnosti, redakcie časopisu Zasvätený život, tvorbu a správy internetových stránok Konferencie a stránky zasvatenyzivot.sk. Spolupracuje s odborníkmi z masmediálnej oblasti, vydavateľstvami, distribučnými spoločnosťami, produkčnými spoločnosťami, sponzormi, donormi, katolíckymi médiami a Radou pre spoločenské komunikačné prostriedky KBS.